Μεταξύ των σκοπών της Ε.Ε.Κ. είναι:
Να προάγει τις εφαρμογές της κυτταρομετρίας για τον χαρακτηρισμό και τη μέτρηση των κυττάρων και κυτταρικών συστατικών για βιολογικούς, διαγνωστικούς, θεραπευτικούς και ερευνητικούς σκοπούς.
Να βοηθά την ανταλλαγή απόψεων των απασχολουμένων στον τομέα αυτό και ειδικότερα στην κυτταρομετρία ροής και κυτταρομετρία εικόνας.
Να εκπαιδεύει όλους εκείνους που εκδηλώνουν ενδιαφέρον να εφαρμόσουν την κυτταρομετρία.
Να προάγει τον έλεγχο, την ασφάλεια και εκτίμηση ποιότητας λειτουργίας των οργάνων και μεθόδων που χρησιμοποιεί η κυτταρομετρία.
Να συμμετέχει σε Εθνικές εταιρίες με ευρύτερο περιεχόμενο και σκοπούς.
Να συμμετέχει και να εκπροσωπεί τη χώρα μας σε συναφείς διεθνείς εταιρίες.